Овдовев, отец Михаил принял решение целиком посвятить себя служению Церкви, закончил Казанскую духовную академию и принял монашеский постриг с именем Мефодий. Кандидат богословия, самоотверженный и попечительный воспитатель юношества, о. Мефодий много потрудился на разных должностях в духовном образовании Уфимской епархии. Известный, талантливый проповедник, миссионер.

В 1913 году наречен во епископа Акмолинского, викария Омской епархии, и стал соратником другого великого архипастыря – священномученика Андроника (Пермского). Они развернули борьбу против порока пьянства, принимавшего в начале XX века в России все более угрожающий масштаб, а также с укоренявшимися в Сибири сектантами – баптистами и хлыстами.

Епископ Мефодий возглавил Омское епархиальное Братство трезвости, которое, в числе прочих дел, собирало подписи и добивалось закрытия винных лавок. В 1914 году Петропавловская городская дума, подав ходатайство, испросила епископа Мефодия к себе в город.

После свержения монархии, в марте 1917 года Совет рабочих и солдатских депутатов отправлял телеграмму Керенскому и в Святейший Синод с просьбой удалить епископа Мефодия из Петропавловска за «реакционную деятельность», но просьба была оставлена без внимания. Владыка был убит 17 февраля 1921 года на храмовой площади города Петропавловска: большевистский карательный отряд, подавлявший крестьянское восстание 1921 года в Западной Сибири, заколол его штыками. Уже мертвому, ему вонзили крест в одну из ран.

«Мирясь с окружающим нас злом, мы воображаем, что исполняем закон Христа; не вступая в борьбу со злом, в силу неправильно понимаемой свободы совести, мы так свыкаемся с ним, что начинаем считать его нормальным явлением и становимся равнодушными к доброму. Излишние заботы об удобствах жизни подавляют ум, сердце, религиозные интересы. В общественной жизни, в отношениях к друг другу мы проявляем часто какую-то сверхгуманность: великодушны к низости, снисходительны к разврату, готовы замолчать богохульство, считаем преступным затрагивать покойную совесть ближнего; святую ревность подвижников за истину и благочестие называем фанатизмом, психопатией. Вот почему нечестие уже не прячется от взоров людских, а открыто заявляет себя в жизни и литературе».